احمد شیخ بهایی در سال ۱۳۳۹ در خانواده ای مذهبی در کرمان چشم به جهان گشود. پدر وی از بازاری های و صاحب ۱۲ فرزند بود که دو نفر در کودکی از دنیا رفته و یکی دیگر در دوره دفاع مقدس به درجه شهادت نائل شدند.

وی در سال های قبل از دبستان در طول دو سال حضور در مکتب خانه، روخوانی قرآن را به طور کامل آموخته بود و از همان سنین در برنامه های مذهبی مسجد جامع کرمان حضور مستمر داشت. بعد از آغاز تحصیلات کلاسیک در دوره ابتدایی هم این حضور ادامه یافت و در این رفت و آمد ها از منبر بزرگانی چون آیت الله صالحی کرمانی، آیت الله حقیقی، مرحوم بهلول، آیت الله سبحانی، و سایر منبری های معروف کشور که به کرمان رفت و آمد داشته اند، استفاده کرد.

آیت الله شیخ بهایی در دوران طلبگی و قبل از انقلاب : وی از همان دوران ابتدایی عشق شدید به حوزه علمیه و طلبگی پیدا کرد و از کلاس پنجم، دائما تقاضای رفتن به قم برای تحصیل علوم دینی داشت. این درخواست وی، به خاطر شرایط سخت روحانیت در قبل از انقلاب، همواره از سوی خانواده وی با مخالفت روبرو می شد. در طول دوره دبیرستان و با اوج گرفتن مبارزات انقلابی مردم، فعالیت های مذهبی او رنگ و بوی انقلاب گرفت و شرکت در سخنرانی ها و راهپیمایی ها، پخش اعلامیه و فروش کتب مذهبی به بخشی از فعالیت او تبدیل گردید. در آن دوران حضورش در مسجد جامع کرمان با قرائت و تفسیر نهج البلاغه جدی تر نیز شده بود.

تحصیلات دانشگاه و حوزوی آیت الله شیخ بهایی:با شروع اولین سال تحصیلی بعد از انقلاب به دانشگاه رفت و در دانشگاه علم و صنعت تهران مشغول آموزش رشته مکانیک شد. با تعطیلی دانشگاه ها به علت انقلاب فرهنگی، از دانشگاه جدا شده، و با استفاده از فرصت دوری از خانواده و آرامش حوزه ها به برکت انقلاب، راهی قم برای اشتغال به علوم دینی گشت. او به مدرسه منتظریه (که توسط شهید بهشتی و شهید قدوسی رهما پایه گذاری شده بود، تا مدت ها به نام حقانی شناخته می شد، و پس از آن نیز به مکان فعلی مدرسه شهیدین رهما منتقل شد) پیوست و در آن جا دروس سطح را در محضر اساتیدی چون آیات عظام احمدی میانجی ره، شیخ حسن طهرانی ره، شب زنده دار حفظه الله، خرازی حفظه الله، استادی حفظه الله، جوادی آملی حفظه الله و مصلحی ره، فراگرفت. در همان سال ها با شرکت در دوره های زبان، به مکالمه به زبان های عربی و انگلیسی مسلط شد. همچنین دوره روانشناسی را در محضر استاد حقانی، جامعه شناسی را در محضر استاد میرسپاه، نجوم را در محضر استاد توفیقی و اقتصاد را در محضر استاد نظری، در همین مدت فرا گرفت.

ایت الله احمد شیخ بهایی به مدت ۵سال مسئولیت رایزنی فرهنگی جمهوری اسلامی ایران در کشور بوسنی را برعهده داشته اند.